Klimatické podmínky jsou v Japonsku velmi složité a jsou způsobeny hornatostí ostrovů a protáhlým tvarem hlavního souostroví. Rozdíly mezi klimatem nejsevernějšího ostrova Hokkaidó, který má dlouhé zimy se spoustou sněhu, a nejjižnějšího souostroví Rjúkjú, které již leží v subtropickém pásu, jsou značné. Japonsko také leží poměrně blízko velké masy asijské pevniny, takže právě v zimě se nad japonskými ostrovy střetávají chladné větry vanoucí z pevniny s vlhkými a teplými větry z Tichého oceánu. Proto padá na straně přivrácené k asijské pevnině mnoho sněhu (této části se říká rub Japonska – Ura Nihon) a na straně přivrácené k Pacifiku padá sníh poměrně zřídka, a i když napadá, nevydrží dlouho (této části se říká líc Japonska – Omote Nihon). Na klimatické podmínky mají zásadní vliv i mořské proudy. Sever ovlivňuje chladný proud Ojašio, který přitéká od Beringovy úžiny a ochlazuje Hokkaidó a severní části ostrova Honšú. Jih otepluje proud Kurošio, který proudí od Tchaj‑wanu a větví se u Kjúšú na dvě ramena. Mohutnější část proudí podél ostrova Honšú až nad oblast Tokia a menší část teče do Japonského moře.

Teploty se v zimě pohybují mezi -9 °C až +16 °C (maxima až -40 °C), zatímco letní teploty se pohybují v rozsahu od +20 °C po +30 °C. Období dešťů trvá od poloviny června do první červencové dekády. Pak nastává vlhké a velmi horké léto. Tajfuny přicházejí nejčastěji na sklonku léta – koncem srpna a v průběhu září. Po nich se vyčistí obloha a následuje příjemný podzim. Zima je chladná a vlhká, končí kvítky slivoní, které rozkvétají jako první koncem února až počátkem března, opět podle zeměpisné polohy. Stejně tak se liší rozkvétání sakur, které na jihu rozkvétají už v druhé polovině března, zatímco na Hokkaidu začátkem května.

Průměrné množství srážek za rok v Tokiu je 1 405 mm, nejdeštivější je červen se 185 mm srážek a nejsušší leden s pouhými 45 mm. Srážky zejména v období dešťů bývají náhlé a velmi prudké. Nejlepší období pro turistiku jsou jarní a podzimní měsíce, kdy je teplo, ale ne vlhké vedro.