Železniční doprava – vlaky jsou nespolehlivějším a velmi rychlým dopravním prostředkem zejména mezi velkými městy. Nevýhodou je velmi vysoké jízdné. Na velké vzdálenosti srovnatelné s leteckou dopravou.

Rozdělení vlaků

Local, místní (kakueki-teisha nebo futsu-densha) – zastavují na každé zastávce. Rapid, zrychlené (kaisoku) – nezastavují na všech zastávkách. Ceny jsou stejné jako za místní vlaky. Express (kyuko) – jedná se o obdobu Rapid vlaků. Pouze nepatrný rozdíl a platí se navíc přirážka. Limited Express (tokkyu) – zastavují pouze ve velkých městech. Příplatek kolem 50 až 130 % základní sazby (tedy pro místní vlaky). Super Express (shinkansen) pouze na Japan Railways – jezdí na oddělených kolejích a nástupištích. Příplatek v rozmezí 60 až 175 %.

Pokud chcete cestovat první třídou (green – first class), je zde zpravidla příplatek kolem 30 až 50 % jízdného. První třída je pohodlnější a méně obsazená.

Všechny stanice jsou ohlašovány v japonštině, ale u šinkansenů a některých dalších spojů rovněž v angličtině. Lístek si můžete koupit buď v automatu, nebo u přepážky.

Japan Railways nabízí permanentky, tzv. Rail Passes, pro turisty mířící do Japonska. Tyto pasy mohou být zakoupeny pouze v zahraničí, tedy ne v Japonsku (až na jednu výjimku). Jsou zejména výhodné pro cestovatele, kteří plánují překonávat dlouhé vzdálenosti.

Pro neomezené cestování s Rail Passem během jednoho týdne je cena v běžné třídě 28 300 jenů a v první třídě 37 000 jenů. Na tři týdny je cena 57 000 jenů. Lze je rovněž využít na některých autobusových linkách, trajektech i na šinkansenech. Dále je možno zakoupit levnější regionální pasy. Seishun 18 Kippu – je další možností jak cestovat levněji po Japonsku během školních prázdnin. Permanentka stojí 11 500 jenů a může být používána na neomezené cestování na místních a zrychlených vlacích během následujících obdobích. Může být ale použita pouze na pět dní, které si zvolíte. Tato permanentka je prodávána pouze 3× do roka. Platná je pro období od 1. března do 10. dubna (v prodeji od 20. února do 31. března)., dále od 20. července do 10. září (v prodeji od 1. července do 31. srpna) a poslední období od 10. prosince do 20. ledna (v prodeji od 1. prosince do 10. ledna). Permanentka může být zakoupena kdekoliv na nádražích v Japonsku.